يبدأ تنفيذ المرحلة الثانية بداية عام 2023. تتميز متطلبات هذه المرحلة أنها في معظمها متطلبات فنية مطلوبة من الشركات التي توفر خدمة الأنظمة الإلكترونية ويتم تطبيقها بالتنسيق مع هيئة الزكاة. تشمل متطلبات هذه المرحلة جميع متطلبات المرحلة الأولى بالإضافة إلى التالي:

1. إصدار الفاتورة بصيغة (XML, PDF/A-3)

2. خصائص منع التلاعب مثل (دالة التشفير , الختم الرقمي)

3. الخصائص التقنية الأخرى (مثال: رقم التعريف الموحد عالمياً UUID)

4. الربط والتكامل مع أنظمة هيئة الزكاة والدخل والجمارك